Shisui fue considerado como uno de los miembros más talentosos y sobresalientes en batalla de su clan. Se había ganado el apodo de
"Shisui del Cuerpo Parpadeante", posiblemente lo que implica que debia tener un gran dominio del Jutsu de Cuerpo Parpadeante. Era conocido como uno de los usuarios del Genjutsu más poderosos del
Clan Uchiha. Otra prueba de su destreza es que Kabuto Yakushi quería revivirlo para usarlo en la guerra, pero no pudo encontrar suficientes muestras de ADN.
Al igual que todos los Uchiha, el tenia el
Sharingan, teniendo una gran habilidad con este.
Shisui poseía el Mangekyō Sharingan. Con su Mangekyo Sharingan podía usar un genjutsu único del más alto nivel, que permite al usuario controlar la mente del objetivo hasta el punto en que incluso el que estaba siendo manipulado no estaba al tanto de que estaba siendo utilizado. Esta capacidad fue aparentemente tan única y poderosa, que Tobi a sí mismo (a pesar de tener acceso tanto al Mangekyō Sharingan Eterno y al Rinnegan) lo codiciaba, y estaba enojado porque Danzo logró destruir el ojo que le fue trasplantado a partir de Shisui en el momento de su muerte. Después de que Itachi mato a Shisui el transplanto el ojo izquierdo de Shisui a uno de sus Cuervos y se lo dio a Naruto.Itachi confesó a Sasuke que él mató a Shisui y creó la nota de suicidio, todo con el fin de despertar su propio Mangekyō Sharingan. El cadáver de Shisui aparentemente ha desaparecido, ya que Kabuto Yakushi no fue capaz de localizarlo. Mas tarde se revelo que Danzo le quito uno de los ojos a Shisui mientras aun estaba vivo, el otro ojo fue encomendado a Itachi y le dijo que lo utilizara para proteger a la aldea, y para evitar conflictos que surjan sobre los ojos hizo parecer como si se los hubiera aplastado antes de morir. Más tarde borra su existencia sin dejar cadáver detrás.
A diferencia de su clan, Shisui junto a
itachi se dedicaron a la protección de la aldea desde las sombras. Con esto en mente, le confió su ojo izquierdo a Itachi y le dijo que era para proteger a la aldea. De acuerdo con Itachi, él y Naruto Uzumaki son nobles idealistas y son algo parecidos en un sentido.
A lo largo de su vida, influyó en gran medida en Itachi como su amigo, le enseña que el sacrificio y que el verdadero ninja era el que protegía al pueblo desde las sombra, y lo que sienta las bases para su futuro. Incluso años después de su muerte, los poderes de Shisui y sus acciones dejaron marcas en el mundo. Tanto su Sharingan izquierdo como derecho han sido utilizados por Danzo e Itachi para proteger a Konoha a su manera.
